윤여준, 박제원, 박성렬 "신규한 올리고마이신 유도체 및 이를 포함하는 항생제" 한국 특허출원 제 10-2010-0079101호 (2010.08.17)

윤여준, 박성렬, 박제원, 송재경 "새로운 카나마이신 항생물질, 카나마이신 생산 이종 균주 및 카나마이신의
생산 방법" 한국 특허출원 제 10-2010-0037709호 (2010.04.23)

윤여준, 박제원, 정원석, 박성렬 "에포틸론 발현용 재조합벡터 및 이를 이용한 스트렙토마이세스
베네주엘라에에서의 에포틸론 생산방법" 한국 특허 등록 제 10-0949313호 (2010.03.17) / 출원번호 제 10-2008-0015793 (2008.02.21)

윤여준, 정원석, 정순정, 박성렬, 박제원 "pikD 조절유전자의 발현벡터를 이용한 스트렙토미세스
베네주엘라에 (Streptomyces venezuelae) 에서 폴리케타이드 (polyketide) 의 생산성 증가방법" 한국 특허 등록 제 10-0945483호 (2010.02.25) / 출원번호 제 10-2007-0107787 (2007.10.25)

윤여준, 한아름, 박제원, 김은지, 박성렬, 정원석 "안트라사이클린 계열 항암제 에피루비신이 생합성 방법,
안트라사이클린 계열 신규 당치환체 및 그 제조방법" 한국 특허 등록 제 10-0938541호 (2010.01.15) / 출원번호 제 10-2009-0085281 (2009.09.10)

박성수, 박제원, 윤여준, 이강무, 임지선 " 방선균이 고정된 극다공성 한천입자와 이를 이용한 방선균미세배양시스템 및 방선균 배양 방법" 한국 특허 등록 제 10-0927433호 (2009.11.11) / 출원번호 제 10-2007-0065745 (2007.06.29)

윤여준, 정원석, 한아름 "신규한 올리보실 틸락톤 및 그 제조 방법" 한국 특허 등록 제 10-0914251호 (2009.08.20) / 출원번호 제 10-2007-0063678 (2007.06.27)

김재종, 임시규, 윤여준, 데비 바스넷, 박제원, 정원석, 박성렬 "케토라이드류 항생물질의 전구체인 5-O-데소사미닐 에리스노라이드 A의 조합생합성방법 및 재조합 균주개발" 특허등록 제10-0903485호 (2009.06.10) / 출원번호 제 10-2007-0094101 (2007.09.17)

김재종, 임시규, 윤여준, 정원석, 김동환, 이미옥, 유영지 "라파마이신 생산성이 증대된 재조합 방선균주 및
라파마이신 생산성 증대방법" 한국 특허출원 제10-2008-0098667호 (2008.10.08)

김재종, 임시규, 윤여준, 박제원, 이미옥, 이보미, 김동환, 류정현, 이금순 "A PRODUCING METHOD FOR GENTAMICIN A2 OR THE PRECURSORS AND RECOMBINANT MICROORGANISMS PRODUCING THE SAME" PCT 특허출원 PCT/KR2008/004033 (2008.07.09)