윤여준, 박성렬, 박제원, 송재경 "새로운 카나마이신 화합물, 카나마이신 생산 스트렙토마이세스 속 미생물 및
카나마이신의 생산 방법" 미국등록 10,337,044 (2019.07.02)

오동찬, 두영은, 신연혁, 신종헌, 윤여준, 김은지 "오명사마이신 A의 생산능이 증대된 스트렙토마이세스 속 변이 균주 및 이를 이용한 오명사마이신 A의 생산 방법" 한국 특허출원 제 10-2019-0055745호 (2019.05.13)

윤여준, 정은지, 반용선, 윤성준, 강상현, 전수연, 권안성, 유영지, 송명종, 범지윤, 정진아, 이수정, 황보아름, 이경태 "신규 화합물 및 이를 포함하는 신경계 질환 치료용 약학적 조성물" 한국 특허출원 제 10-2018-0158865호 (2018.12.11)

윤여준, 반용선, 정은지, 윤성준, 강상현, 전수연, 권안성, 유영지, 송명종, 범지윤, 정진아, 이경태, 이수정, 이연선, 황보아름, 홍주현 "신규 화합물 및 이를 포함하는 진균감염 치료용 약학적 조성물" 한국 특허출원 제 10-2018-0158864호 (2018.12.11)

윤여준, 정은지, 조승우, 송명종, 범지윤, 정진아, 이종승, 이헌주 "신규 화합물 및 이를 포함하는 발모 촉진용 조성물" 한국 특허출원 제 10-2018-0158863호 (2018.12.11)

윤여준, 송재경, 김응수, 김원석, 김은지, 김은지, 김면수, 앤드류 래스웰 크리스 제임스, 나희주 "방선균에서 에포틸론 생산을 증대시키기 위한 에포틸론의 전구체, 및 이를 이용한 에포틸론의 생산 방법" 한국 특허등록 제 10-173654호 (2017.05.10) / 한국 특허출원 제 10-2014-0067239호 (2014.06.02)

윤여준, 강한영, 이동건, 신데 프라모드 비 "신규 마크로락탐 글리코시드 유도체, 이의 화학효소적 제조방법 및 이를 포함하는 항균용 조성물" 한국 특허등록 제 10-1721750호 (2017.03.24) / 한국 특허출원 제 10-2015-0041636호 (2015.03.25)

윤여준, 반용선, 권효정, 반연희 "FK506 유도체를 함유하는 크립토코쿠스 속 곰팡이 및 간디다 속 곰팡이에 의한 진균 감염을 치료하기 위한 약제학적 조성물 및 그의 용도" 한국 특허등록 제 10-1632042호 (2016.06.14) / 국내출원번호 제 10-2014-0080473호 (2014.06.30) / PCT/KR2015/006635 (2015.06.29) / 미국출원 US 15/320,189 (2016.12.19) / 일본출원 JP 2017-519438 (2016.12.19) / 유럽출원 EP 15814564.9 (2016.12.29) / 중국출원 CH 201580035432.9 (2016.12.28)

윤여준, 김재종, 임시규 "신규 타크롤리무스 유도체, 상기 유도체를 포함하는 신경 보호용 조성물, 상기
유도체를 포함하는 면역 억제용 조성물, 상기 유도체의 생산 방법 및 상기 유도체의 생산 균주(Novel Tacrolimus Analogues, a Neuroprotective Composition Comprising the Same, an Immunosuppressive Composition Comprising the Same, a Method for Preparing the Same, and a Mutant for Producing the Same)" / 한국 특허등록 제 10-1261131 호 (2013.04.29) / 출원번호 제 10-2011-0032278 (2011.04.07) / PCT출원 PCT/KR/2011/003644(2011.05.17) / 미국출원번호 13/774,899 (2013.02.22) 미국특허등록 9,505,779호 (2016.11.29)

윤여준, 노정혜, 김지은, 최준선, 전수연, 강상현, 최하경, 김은지 "신규 pstS 프로모터 및 이를 이용한 페닐프로파노이드의 제조방법" 한국 특허등록 제 10-1617126호 (2016.04.25) / 특허출원 제 10-2015-0068271호 (2015.05.15)